集装箱集团下属成员企业包括海天码头、海润码头、海通码头、嵩屿码头、国际货柜码头、新海达码头、海沧查验公司、泛海联公司、智图思公司，关联企业包括海翔码头和福州海盈码头。其中：

海天码头：为分公司，运营东渡港区5＃〜16＃泊位；

海润码头：为全资子公司，运营海沧港区4＃〜6＃泊位；

海通码头：为全资子公司，运营嵩屿港区4＃〜6＃泊位；

嵩屿码头：与AP穆勒合资经营，运营嵩屿港区1＃〜3＃泊位，公司持有75％股权；

国际货柜码头：与和记黄埔合资经营，运营海沧港区1＃〜3＃泊位，公司持有51％股权；

新海达码头：与厦门海投集团合资经营，运营海沧港区18＃〜19＃泊位，公司持有66％股权；

海沧查验公司：与厦门海投集团合资经营，公司持有75％股权；

泛海联物流：与海丰物流合资经营，公司持有51%股权；

智图思科技：与上海哪吒港航智慧、福建电子口岸合资经营，公司持有51%股权；

受厦门国际港务委托，经营福州海盈码头（福州马尾港区8＃泊位）；

租赁经营海翔码头（刘五店港区6＃～7＃泊位）。